該系統主要運轉程序按以下步聚進行：
　　 　　1啟動機械泵對系統進行粗抽。
　　
　　2啟動分子篩吸附泵，將系統抽至10-lPa范圍。
　　
　　3系統加熱烘烤。烘烤溫度為250℃～300℃，烘烤時間約24h，烘烤時系統真空度為10-3Pa—l0-4Pa。
　　
　　4停止烘烤，待系統冷卻至室溫后用四極質譜計進行殘氣分析和微漏檢測，以確知烘烤
　　
　　5將液氮注入液氮容器內，使之降溫至77K。
　　
　　6為了減少液氦損耗，在注入液氦前必須預先用液氮冷卻氦冷凝器，而且這一過程應盡可能充分，以使泵內各層溫度基本趨于平衡。
　　
　　7調制BA規和彎注規反復去氣。
　　
　　8關閉冷凝泵與前級抽氣系統之間的超高真空閥門，使冷凝泵從整個系統中單獨分離出來，并將其送至氦液化器房。
　　
　　9將氦冷凝器中的液氮全部導出，再用特制的輸液杜瓦管將冷凝泵與氦液化器連接起來。
　　
　   10用液氦獲得系統中的真空機組抽空液氦冷凝器，并開始輸送液氦。
　　
　　11采用稱重法或觀察氦氣回收氣柜浮標上升法，判斷輸送液氦的量，用金一鐵熱電偶測溫法確定氦冷凝器中液氦面的高度，當確知足數輸入液氦后即停止輸液。
　　
　　12在輸送液氦的過程中，記錄系統真空度隨注入時間和冷卻溫度的變化。
　　
　　13分別進行液氮和液氦減壓試驗，測量極限壓力。
　　
　　14測量液氦冷凝泵對氫氣、氮氣、氬氣等的抽氣速率。
　　
　　15測量該泵的液氦耗量。