食品凍干機與醫藥凍干機設計差異主要有傳熱方式、預凍方法、自動裝卸裝置，真空泵的選配、工作溫度、制冷系統、熱源選擇等方面的差異。
　　
　　自動裝卸裝置差異
　　
　　醫藥凍干機為減少手工操作給制品帶來污染而開發了（自動）機械裝卸制品的裝置，但這并非是必需的，因此目前多數醫藥凍干機均無此功能。但沒有預凍功能（即在干燥箱外預凍）的食品凍干機，必須在很短的時間內將預凍好的制品裝入凍干機，避免裝箱過程中融化；還必須在很短的時間內卸出干燥箱轉送到干燥的儲存間和包裝間，以免干燥制品吸濕；而且食品凍干機的容量都很大（托盤面積達50m2～120㎡），因此用機械裝卸制品的裝置設施是必需的，并且在干燥箱內部設計中，在速凍庫一干燥箱一貯存間一包裝間之間的通道設計中均要有相應的考慮和安排。