食品凍干機與醫藥凍干機設計差異主要有傳熱方式、預凍方法、自動裝卸裝置，真空泵的選配、工作溫度、制冷系統、熱源選擇等方面的差異。
　　
　　預凍方式的差異
　　
　　為保證安全性，醫藥凍干從制品進箱、凍結、干燥到出箱的整個凍干過程，要盡量做到不與人或外界接觸，所以預凍和干燥總是在凍干箱內進行。采用擱板制冷和加熱亦能順利有效地進行預凍和升華。而采用懸置輻射方式的食品，若預凍亦在干燥箱內進行的話，不僅要有既能供熱又能供冷的輻射板，而且還需有使箱內空氣流動的流道和設備，在制冷和加熱交換中不可避免地有冷熱抵消，增加了加工能耗；若用專門速凍庫進行預凍，不僅可以避免這種冷熱抵消的能耗，而且冷庫的設備費用僅為凍干機設備費用的十幾分之一，可充分發揮昂貴的凍干機的使用效率。所以食品凍干幾乎總是用速凍庫或其它專用凍結設備進行預凍后，再進入凍干機中干燥。