食品凍干機與醫藥凍干機設計差異主要有傳熱方式、預凍方法、自動裝卸裝置，真空泵的選配、工作溫度、制冷系統、熱源選擇等方面的差異。
　　
　　傳熱方式
　　
　　醫用凍干機是將配成溶液的藥品在瓶（或托盤）中凍結后成為與瓶（或盤）緊密接觸的冰，冰的導熱性能較好，因而一般醫藥凍干機定型為藥品瓶（或托盤）直接放在能制冷和加熱的擱板上進行預凍和干燥。為了使傳熱良好，要求擱板平整光潔，其不平度公差小于1mm/m。有時設計成抽屜托盤，讓制品瓶直接放在擱板上。而固態食品是置于物料盤中的松散堆積物，食品有空隙，在真空下其導熱性能很差。因此固態食品凍干機（亦可加工液態食品）是將物料盤懸置于兩輻射加熱板之間加熱。這種方式比擱板式干燥快，效率高。為了增強輻射換熱，要求加熱板表面的輻射系數高達90%～95%以上。至于加熱板的平整度，要求不嚴格。但必須保證裝料后，物料盤底（包括支架）和物料頂與輻射板上、下兩表面間有足夠的距離，通常不小于5mm—10mm。