食品真空冷凍干燥工藝流程，可分為前處理、預凍、升華干燥、解吸干燥和后處理五個階段。

　　預凍時間
　　
　　物料在凍干室的凍結應快速，一般1h—2h達到預凍溫度。通常的做法是在物料達到預凍溫度后，還需在此溫度下停留1h-2h，而不是立即進行升華干燥，這樣可以使物料凍透。
　　
　　值得說明的是這里提到的快速凍結不完全等同于目前流行的食品速凍加工。速凍是在30min內物料通過-1℃～一5℃z*大冰結晶生成帶，使物料中心溫度達-18℃，冰結晶小，冰晶粒不破壞物質的細胞結構，解凍時營養成分流失少。而凍干中的凍結則是慢于速凍，又快于慢凍，從時間上看介于兩者之間，又接近速凍。這主要是雖然環境溫度都差不多（-30℃左右），速凍基本上是單體，而且加大風速，強化換熱，而慢凍主要是物料尺寸較厚，凍結時間加長。如果凍干中也進行速凍，要求物料在幾分鐘至30min凍至中心溫度達-18℃，不但制冷機負荷會成倍增加，預凍后期負荷又很小，降低制冷機利用率；同時這種凍結也不利于水蒸氣升華，對產品質量不利；也增加了能耗和運行費用，很不經濟。如果實行慢速凍結，整個干燥時間會延長，也是不經濟的。
　　
　　預凍速率
　　
　　預凍速率直接影響干燥速率和產品質量。慢凍時，冰結晶顆粒較大，有利于物品的升華，復水速度快，但食品復原性差；快速凍結，產生的冰晶顆粒小，升華較慢，復水速度慢，干制品的復原性好。通常采取的方法是，如需凍結得快一些，先將干燥室預冷至較低溫度，再將制品放入冷凍干燥室凍結；若凍干室和制品一起凍結，凍結速度較慢。