供氣系統分氬氣（工質氣體）和氧氣（輔助氣體）兩套系統。在氬氣中混入一定比例的氧氣，可以防止一些晶體（如鈮酸鋰）表面缺氧而導致性能變化。LSK-3型離子束刻蝕機的供氣系統分手控和自控兩路。手控系統由流量微調真空閥(WT30-1型)、兩個GM-10型真空隔膜閥、一個容積為8L的貯氣罐，一個2.5kg/cm²真空壓力表和管路組成。自控系統除手控的部件外，加有一套D07-2/ZM型質量流量控制器。氣體流量由工作壓力間接指示。