化糞池清理可將傳統的化糞池改建為沼氣凈化池，這一課題為中央愛衛會推廣項目。即是成功的實例沼氣凈化池設在公廁下，糞便污水由沼氣凈化池處理，取消了化糞池，所產生的沼氣供公廁管理人員作生活燃料，廢液作為廁所屋頂、墻面、周圍環境綠化及種菜的有機肥料，具有糞便處理效果好、綜合利用廢料、使用方便、環境優美、經濟效益、環境效益和社會效益顯著等優點。

隨著經濟的發展，各地應加快城市污水處理工程建設，逐步、盡快地取代化糞池，提高生活污水的處理程度，保證污水處理效果，以保護環境，減少水污染，也解決了化糞池的環境衛生問題。

國內近年來開始研究的將傳統的化糞池改造為五格厭氧消化池，是一個應用前景廣闊的發展方向。國外目前多采用小型厭氧或好氧污水凈化槽，亦值得研究。

在化糞池的管理中，可強制要求定期用漂白粉消毒，以增強處理效果，改善出水細菌學指標，但不可因過于頻繁使用漂白粉而影響正常發酵。

傳統化糞池的工藝參數取決于適宜范圍、污水水量和水質的適應性，應進一步深入研究，加以完善。同時應進行高效沉淀技術的研究、開發，以提高化糞池處理效果和容積利用率。

化糞池清理化糞池做為過渡形式將長期存在，必須大力加強化糞池的管理工作，嚴格執行定期清掏制度據三個住宅小區調查情況，兩年以上未清掏的化糞池占總數的 80％，有些自投用以來從未清掏。